MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Lawsonia intracellularis PHE/MN1-00 chromosome

Total Repeats: 39125

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008011	TAA	2	6	25	30	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008011	A	7	7	29	35	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008011	AGAT	2	8	40	47	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_008011	TATAG	2	10	54	63	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_008011	AT	3	6	70	75	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008011	TTA	2	6	122	127	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_008011	A	6	6	142	147	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_008011	AT	4	8	151	158	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008011	TAA	2	6	163	168	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_008011	CTT	2	6	169	174	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_008011	AT	3	6	203	208	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_008011	TAAT	2	8	233	240	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008011	A	6	6	241	246	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008011	TAAA	2	8	248	255	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_008011	AT	3	6	259	264	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008011	T	9	9	332	340	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_008011	AT	3	6	363	368	50 %	50 %	0 %	0 %	94986446
18	NC_008011	ACA	2	6	373	378	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94986446
19	NC_008011	A	6	6	404	409	100 %	0 %	0 %	0 %	94986446
20	NC_008011	TAG	2	6	449	454	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94986446
21	NC_008011	ATT	2	6	474	479	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94986446
22	NC_008011	AGG	2	6	564	569	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	94986446
23	NC_008011	TAA	3	9	639	647	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94986446
24	NC_008011	ACA	2	6	648	653	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94986446
25	NC_008011	AAG	2	6	696	701	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94986446
26	NC_008011	AT	3	6	704	709	50 %	50 %	0 %	0 %	94986446
27	NC_008011	TTACCT	2	12	727	738	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	94986446
28	NC_008011	TGT	2	6	798	803	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94986446
29	NC_008011	TAA	2	6	813	818	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94986446
30	NC_008011	TGC	3	9	828	836	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94986446
31	NC_008011	GGA	2	6	987	992	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	94986446
32	NC_008011	A	6	6	1026	1031	100 %	0 %	0 %	0 %	94986446
33	NC_008011	AAGG	2	8	1046	1053	50 %	0 %	50 %	0 %	94986446
34	NC_008011	T	6	6	1092	1097	0 %	100 %	0 %	0 %	94986446
35	NC_008011	AGA	2	6	1109	1114	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94986446
36	NC_008011	GTT	2	6	1168	1173	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94986446
37	NC_008011	A	6	6	1203	1208	100 %	0 %	0 %	0 %	94986446
38	NC_008011	T	6	6	1347	1352	0 %	100 %	0 %	0 %	94986446
39	NC_008011	AAAGC	2	10	1414	1423	60 %	0 %	20 %	20 %	94986446
40	NC_008011	GAT	2	6	1483	1488	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94986446
41	NC_008011	TAT	2	6	1509	1514	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94986446
42	NC_008011	TGT	2	6	1584	1589	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94986446
43	NC_008011	T	6	6	1604	1609	0 %	100 %	0 %	0 %	94986446
44	NC_008011	AGA	2	6	1666	1671	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94986446
45	NC_008011	AAAG	2	8	1718	1725	75 %	0 %	25 %	0 %	94986446
46	NC_008011	CATT	2	8	1779	1786	25 %	50 %	0 %	25 %	94986446
47	NC_008011	TA	3	6	1806	1811	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_008011	TTA	2	6	1824	1829	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94986447
49	NC_008011	TTGC	2	8	1844	1851	0 %	50 %	25 %	25 %	94986447
50	NC_008011	GAT	2	6	1955	1960	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94986447
51	NC_008011	TTG	2	6	2058	2063	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94986447
52	NC_008011	AAC	2	6	2080	2085	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94986447
53	NC_008011	AG	3	6	2091	2096	50 %	0 %	50 %	0 %	94986447
54	NC_008011	TGCTTT	2	12	2106	2117	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	94986447
55	NC_008011	GTA	2	6	2197	2202	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94986447
56	NC_008011	TGA	2	6	2226	2231	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94986447
57	NC_008011	TCT	2	6	2281	2286	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94986447
58	NC_008011	TGC	2	6	2310	2315	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94986447
59	NC_008011	TGT	2	6	2343	2348	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94986447
60	NC_008011	GAC	2	6	2390	2395	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94986447
61	NC_008011	TA	3	6	2396	2401	50 %	50 %	0 %	0 %	94986447
62	NC_008011	AAT	2	6	2424	2429	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94986447
63	NC_008011	CCA	2	6	2440	2445	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94986447
64	NC_008011	T	6	6	2489	2494	0 %	100 %	0 %	0 %	94986447
65	NC_008011	TGC	2	6	2538	2543	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94986447
66	NC_008011	TTC	2	6	2544	2549	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94986447
67	NC_008011	CCT	2	6	2551	2556	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	94986447
68	NC_008011	AGA	2	6	2575	2580	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94986447
69	NC_008011	T	7	7	2584	2590	0 %	100 %	0 %	0 %	94986447
70	NC_008011	GTAATA	2	12	2609	2620	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	94986447
71	NC_008011	T	7	7	2661	2667	0 %	100 %	0 %	0 %	94986447
72	NC_008011	TTC	2	6	2670	2675	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94986447
73	NC_008011	TAA	2	6	2711	2716	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94986447
74	NC_008011	TGT	2	6	2737	2742	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94986447
75	NC_008011	T	6	6	2748	2753	0 %	100 %	0 %	0 %	94986447
76	NC_008011	AGT	2	6	2766	2771	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94986447
77	NC_008011	AGA	2	6	2922	2927	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_008011	TAAT	2	8	2949	2956	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_008011	GT	3	6	2960	2965	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
80	NC_008011	TTA	2	6	2980	2985	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_008011	ATT	2	6	3008	3013	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_008011	TTA	2	6	3049	3054	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_008011	TA	3	6	3066	3071	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_008011	GTA	2	6	3090	3095	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_008011	TAC	2	6	3105	3110	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_008011	TTGTT	2	10	3117	3126	0 %	80 %	20 %	0 %	94986448
87	NC_008011	T	6	6	3143	3148	0 %	100 %	0 %	0 %	94986448
88	NC_008011	GTT	2	6	3187	3192	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94986448
89	NC_008011	A	7	7	3200	3206	100 %	0 %	0 %	0 %	94986448
90	NC_008011	CACAAG	2	12	3277	3288	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	94986448
91	NC_008011	T	6	6	3323	3328	0 %	100 %	0 %	0 %	94986448
92	NC_008011	ATATAC	2	12	3359	3370	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	94986448
93	NC_008011	TAT	2	6	3409	3414	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94986448
94	NC_008011	TA	3	6	3418	3423	50 %	50 %	0 %	0 %	94986448
95	NC_008011	ATA	2	6	3433	3438	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94986448
96	NC_008011	GAA	2	6	3445	3450	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_008011	TGA	2	6	3477	3482	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94986449
98	NC_008011	T	7	7	3488	3494	0 %	100 %	0 %	0 %	94986449
99	NC_008011	TTA	2	6	3533	3538	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94986449
100	NC_008011	TAA	2	6	3561	3566	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94986449
101	NC_008011	T	7	7	3693	3699	0 %	100 %	0 %	0 %	94986449
102	NC_008011	TGG	2	6	3747	3752	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	94986449
103	NC_008011	ACA	2	6	3771	3776	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94986449
104	NC_008011	GAA	2	6	3904	3909	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94986449
105	NC_008011	ATT	3	9	3994	4002	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94986449
106	NC_008011	TAA	2	6	4007	4012	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94986449
107	NC_008011	ATAAA	2	10	4037	4046	80 %	20 %	0 %	0 %	94986449
108	NC_008011	A	7	7	4044	4050	100 %	0 %	0 %	0 %	94986449
109	NC_008011	GTA	2	6	4054	4059	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94986449
110	NC_008011	A	6	6	4091	4096	100 %	0 %	0 %	0 %	94986449
111	NC_008011	TATT	2	8	4130	4137	25 %	75 %	0 %	0 %	94986449
112	NC_008011	GTT	2	6	4141	4146	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94986449
113	NC_008011	TAA	2	6	4154	4159	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94986449
114	NC_008011	A	6	6	4198	4203	100 %	0 %	0 %	0 %	94986449
115	NC_008011	TAA	2	6	4207	4212	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94986449
116	NC_008011	TTA	2	6	4216	4221	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_008011	TAT	2	6	4236	4241	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_008011	TA	3	6	4247	4252	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_008011	ATT	2	6	4269	4274	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_008011	CTC	2	6	4304	4309	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
121	NC_008011	T	6	6	4314	4319	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_008011	ACA	2	6	4320	4325	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_008011	CAC	3	9	4369	4377	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94986450
124	NC_008011	AAGAGG	2	12	4382	4393	50 %	0 %	50 %	0 %	94986450
125	NC_008011	CAC	2	6	4411	4416	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94986450
126	NC_008011	CAT	2	6	4618	4623	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94986450
127	NC_008011	CAG	2	6	4627	4632	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94986450
128	NC_008011	TCC	2	6	4643	4648	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	94986450
129	NC_008011	TCA	2	6	4767	4772	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94986450
130	NC_008011	TAC	2	6	4808	4813	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94986450
131	NC_008011	AG	3	6	4831	4836	50 %	0 %	50 %	0 %	94986450
132	NC_008011	A	6	6	4859	4864	100 %	0 %	0 %	0 %	94986450
133	NC_008011	ATA	2	6	4878	4883	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94986450
134	NC_008011	TAA	2	6	4897	4902	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_008011	TAT	2	6	4910	4915	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_008011	ATT	2	6	4919	4924	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_008011	A	7	7	4951	4957	100 %	0 %	0 %	0 %	94986451
138	NC_008011	TTAT	2	8	4981	4988	25 %	75 %	0 %	0 %	94986451
139	NC_008011	T	6	6	4999	5004	0 %	100 %	0 %	0 %	94986451
140	NC_008011	ATT	2	6	5010	5015	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94986451
141	NC_008011	T	7	7	5014	5020	0 %	100 %	0 %	0 %	94986451
142	NC_008011	CTTA	2	8	5021	5028	25 %	50 %	0 %	25 %	94986451
143	NC_008011	ATTT	2	8	5060	5067	25 %	75 %	0 %	0 %	94986451
144	NC_008011	ACT	2	6	5077	5082	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94986451
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146	NC_008011	T	6	6	5117	5122	0 %	100 %	0 %	0 %	94986451
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287	NC_008011	AGT	2	6	10092	10097	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94986456
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419	NC_008011	TTTA	2	8	14774	14781	25 %	75 %	0 %	0 %	94986458
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421	NC_008011	T	6	6	14814	14819	0 %	100 %	0 %	0 %	94986458
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